澎湃新聞?dòng)浾?賀梨萍

1月8日24時(shí)，天津市疾病預(yù)防控制中心完成當(dāng)天最早確診的2例新增本土病例的新冠病毒全基因組測(cè)序。經(jīng)分析比對(duì)，并經(jīng)中國疾控中心確認(rèn)，該病毒均屬于VOC/Omicron變異株（BA.1進(jìn)化分支），屬于同一傳播鏈。截至目前，天津、河南安陽正在迎戰(zhàn)奧密克戎，該變異毒株也首次被發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)進(jìn)行跨省傳播。

中國疾控中心流行病學(xué)首席專家吳尊友第一時(shí)間表示，奧密克戎癥狀較輕，發(fā)現(xiàn)更難，更易傳播對(duì)于群體防范是一大挑戰(zhàn)，同時(shí)奧密克戎使得疫苗效果折扣比其他的變異毒株更大，所以特別需要打加強(qiáng)針。

奧密克戎正在一些國家逐漸取代德爾塔成為主導(dǎo)新冠病毒株，這距離其首次在南非被檢測(cè)出近2個(gè)月。近日，頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《自然》（Nature）以“加快評(píng)審文章”（Accelerated Article Preview）的形式在線發(fā)表了一篇論文，南非柳葉刀實(shí)驗(yàn)室、博茨瓦納-哈佛艾滋病研究所伙伴關(guān)系等49家科研機(jī)構(gòu)和單位的研究團(tuán)隊(duì)，描述了新冠病毒變異株奧密克戎在南非被鑒定的經(jīng)過以及早期的快速傳播。該團(tuán)隊(duì)正是首次報(bào)告發(fā)現(xiàn)奧密克戎的團(tuán)隊(duì)。

論文中提到，截至2021年12月16日，87個(gè)國家在南非返回的旅客樣本中或在社區(qū)例行檢測(cè)的樣本中發(fā)現(xiàn)了奧密克戎。而截至2022年初，奧密克戎已經(jīng)在100多個(gè)國家被發(fā)現(xiàn)，GISAID數(shù)據(jù)庫現(xiàn)已公開了超過10萬例基因組。

研究團(tuán)隊(duì)強(qiáng)調(diào)，奧密克戎的出現(xiàn)和迅速傳播對(duì)世界構(gòu)成威脅，在非洲尤其構(gòu)成威脅。在非洲，只有不到1/10的人接受了全面疫苗接種。全球必須密切監(jiān)測(cè)奧密克戎的傳播，疫情防控的同時(shí)也更好地了解其傳播性和這種變異體逃逸感染后和疫苗引起的免疫的能力。

奧密克戎主導(dǎo)南非第四波疫情

論文首先回顧提到，在此前的疫情期間，新冠病毒的阿爾法、貝塔和伽瑪變異體在全球傳播，并導(dǎo)致許多不同國家的疫情卷土重來，但隨后大多數(shù)區(qū)域被具有更高傳染性的德爾塔毒株取代并主導(dǎo)。在傳播過程中，德爾塔變異體進(jìn)化成多個(gè)分支，其中一些分支在某些地方顯示出具有生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)的跡象，這促使人們猜測(cè)，下一個(gè)推動(dòng)疫情卷土重來的變異體可能來自德爾塔。

至于南部非洲，2021年10月原本看到了疫情逐漸消退的趨勢(shì)。研究團(tuán)隊(duì)指出，盡管德爾塔在北半球繼續(xù)表現(xiàn)出高傳播水平，但南部非洲的大流行正在逐漸好轉(zhuǎn)。

然而，從2021年11月中旬開始，南非經(jīng)濟(jì)中心豪登省的COVID-19病例迅速增加。具體來說，病例數(shù)和檢測(cè)陽性率的上升首先在豪登省北部城市茨瓦內(nèi)（比勒陀利亞）發(fā)現(xiàn)。研究人員指出，病例的增加伴隨著賽默飛世爾TaqPath檢測(cè)試劑盒中S基因靶基因失效（SGTF）頻率的增加。

2021年11月19日，研究團(tuán)隊(duì)對(duì)2021年11月14日至16日收集的一批8個(gè)S基因靶基因失效樣本的測(cè)序結(jié)果表明，所有樣本都屬于SARS-CoV-2的一個(gè)新的譜系。進(jìn)一步的快速測(cè)序在豪登省多個(gè)地點(diǎn)的32個(gè)常規(guī)診斷樣本中發(fā)現(xiàn)了29個(gè)相同的變異，這表明到2021年11月的第二周，這種新的變異體已經(jīng)廣泛傳播。

至關(guān)重要的是，彼時(shí)新冠報(bào)告病例數(shù)也開始急劇增加。論文寫道，在接下來的4天里，經(jīng)過測(cè)序發(fā)現(xiàn)，南非東部的夸祖盧-納塔爾省和西南端的西開普省均被證實(shí)有該新變異體的傳播。

與此同時(shí)，在博茨瓦納的哈博羅內(nèi)（距離茨瓦內(nèi)360千米），從2021年11月11日收集的樣本中產(chǎn)生的4個(gè)基因組也顯示出不尋常的突變。作為每周監(jiān)測(cè)的一部分，這些基因組于2021年11月17日至18日進(jìn)行了測(cè)序。這些病毒于2021年11月22日被報(bào)告給博茨瓦納衛(wèi)生與福利部。

這些序列于2021年11月23日上傳至GISAID，很明顯，它們屬于一個(gè)新的譜系。在同一周內(nèi)，在博茨瓦納的其他地方又發(fā)現(xiàn)了15例基因組確診病例(與前4例沒有流行病學(xué)聯(lián)系)。這些人或有南非旅游史，或是和有旅游史的人有接觸。

2021年11月24日，來自南非和博茨瓦納的這些SARS-CoV-2基因組被指定為屬于一個(gè)新的PANGO譜系(B.1.1.529)，隨后又被分為BA.1(主支)、BA.2和BA.3亞譜系。2021年11月26日，世衛(wèi)組織根據(jù)SARS-CoV-2病毒進(jìn)化技術(shù)咨詢小組的建議，將其定義為第五種“關(guān)切變異株”（variant of concern, VOC），取名希臘字母Omicron（奧密克戎）變異株。

研究團(tuán)隊(duì)提到，從發(fā)現(xiàn)到2021年12月的第一周，奧密克戎在南非和博茨瓦納造成的病例迅速和持續(xù)增加。在豪登省，每周檢測(cè)陽性率從2021年10月31日開始那一周的小于1%，到2021年11月21日開始那一周的16%，再到11月28日開始那一周的35%，與此同時(shí)，COVID-19發(fā)病率呈指數(shù)上升。到2021年12月9日，每日病例數(shù)超過2.2萬例，這是前一波感染高峰的84%。

同時(shí),在南非的所有省份中，TaqPath檢測(cè)試劑盒中S基因靶基因失效（SGTF）的比例迅速增加，到2021年11月21日開始那一周達(dá)到了全國的近90%，強(qiáng)烈表明奧密克戎主導(dǎo)了南非的第四波疫情。同樣，博茨瓦納的病例也急劇增加，在2021年11月底至12月初期間，每2-3天翻一番。

奧密克戎起源地并不一定是豪登省

為了確定Omicron可能起源于何時(shí)何地，研究團(tuán)隊(duì)分析了從GISAID（訪問日期為2021年12月7日）檢索到的所有686例可用奧密克戎基因組（包括來自南部非洲的248例和世界其他地區(qū)的438例）。

初步的最大似然系統(tǒng)發(fā)育分析表明，BA.1/Omicron序列是一個(gè)植根于B.1.1譜系(Nextstrain clade 20B)的單系進(jìn)化支，尚無沒有明確的基礎(chǔ)祖先。重要的是，BA.1/Omicron聚類與任何已知的“關(guān)切變異株”（VOC）或“感興趣變異株”(VOI)以及任何其他已知在南部非洲流行的譜系（例如C.1.2）具有高度的系統(tǒng)發(fā)育差異。而另外兩個(gè)相關(guān)譜系BA.2和BA.3，都具有BA.1/Omicron的許多（但不是全部）特征突變，并且都有自己的許多獨(dú)特突變。

論文中提到，雖然BA.2和BA.3在進(jìn)化上與BA.1聯(lián)系在一起，因?yàn)樗鼈兌际菑耐粋€(gè)B.1.1節(jié)點(diǎn)分支出來的，沒有明顯的祖先，但這三個(gè)亞譜系沿著獨(dú)立的分支相互獨(dú)立地進(jìn)化。

對(duì)來自南部非洲的所有BA.1的基因組進(jìn)行時(shí)間校準(zhǔn)貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育分析（截至2021年12月11日，n=553）估計(jì)，BA.1譜系序列的最近共同祖先(TMRCA)發(fā)生在2021年10月9日[95%最大后驗(yàn)密度(HPD) 9月30日-10月20日]，每天的指數(shù)增長(zhǎng)率為0.137 (95% HPD 0.099-0.175)，反映出的倍增時(shí)間為5.1天(95%HPD 4.0-7.0)。

研究團(tuán)隊(duì)還通過一種系統(tǒng)動(dòng)力學(xué)模型分析，2021年11月初至12月初，從南非和博茨瓦納獲得的BA.1基因組（n=552）的倍增時(shí)間為3.9 (95% HPD 3.5-4.3)天，有效再生數(shù)(Re)為2.79 (95% HPD 2.60-2.97)，有效再生數(shù)指在任何時(shí)間點(diǎn)，一名個(gè)體在部分易感的人群中平均能傳染的人數(shù)。

研究團(tuán)隊(duì)分析還表明，從2021年10月末至11月末，BA.1/Omicron從南非的豪登省蔓延至南非其余8個(gè)省中的7個(gè)省，還擴(kuò)散到了博茨瓦納的兩個(gè)地區(qū)。而后續(xù)更多的證據(jù)也顯示南非各省內(nèi)部和其他省份之間的傳播。

然而，論文強(qiáng)調(diào)，這并不意味著奧密克戎起源于豪登省，隨著其他地區(qū)基因組數(shù)據(jù)的進(jìn)一步積累，這些系統(tǒng)地理推斷可能會(huì)發(fā)生變化。

中國疾控中心在2021年11月29日發(fā)布的一篇熱點(diǎn)關(guān)注文章中也提到，奧密克戎變異株在南非首先發(fā)現(xiàn)和報(bào)道，但不代表這個(gè)病毒是在南非演變形成的，變異株的發(fā)現(xiàn)地不一定是起源地。 

截至2021年12月16日，87個(gè)國家在南非返回的旅客樣本中或在社區(qū)例行檢測(cè)的樣本中發(fā)現(xiàn)了奧密克戎。截至2022年初，奧密克戎已經(jīng)在100多個(gè)國家被發(fā)現(xiàn)，GISAID數(shù)據(jù)庫現(xiàn)已公開了超過10萬例基因組。

部分免疫逃逸或是快速傳播能力的主要原因

此外，研究團(tuán)隊(duì)提到，BA.1/Omicron變異株的獨(dú)特之處在于，其刺突蛋白上有30多個(gè)突變。15處發(fā)生在刺突蛋白受體結(jié)合域（RBD），其中5個(gè)(G339D、N440K、S477N、T478K、N501Y)已被單獨(dú)證明增強(qiáng)了和人血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2（hACE2）的結(jié)合。7個(gè)RBD突變(K417N, G446S, E484A, Q493R, G496S, Q498R和N501Y)預(yù)計(jì)會(huì)對(duì)RBD靶向中和抗體(NAbs)的4大類中至少3類的結(jié)合產(chǎn)生中度到強(qiáng)烈的影響。

此前的2021年12月23日，國際頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《自然》（Nature）同時(shí)在線發(fā)表了5篇評(píng)估疫苗和抗體對(duì)新冠病毒奧密克戎變異株有效性的論文。哥倫比亞大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授何大一及其同事在其中一篇論文中提到，新冠疫苗和療法對(duì)奧密克戎的效果要差很多。

研究團(tuán)隊(duì)調(diào)查了4種主要的新冠肺炎疫苗——輝瑞-生物科技（Pfizer-BioNTech）疫苗、莫德納疫苗、強(qiáng)生疫苗以及阿斯利康疫苗——在來自54名參與者的樣本中對(duì)奧密克戎的中和活性，這54名參與者均接種了完整的兩劑疫苗（其中15名還接種了輝瑞-生物科技和莫德納的加強(qiáng)針）。在所有疫苗類型中均觀察到了抗奧密克戎有效性明顯下降的現(xiàn)象，包括在兩名曾經(jīng)感染過新冠病毒的參與者身上亦不例外。不過，在接種了輝瑞-生物科技或莫德納加強(qiáng)針的參與者的樣本中，其抗體中和率下降程度較小。

何大一等人還研究了19種針對(duì)奧密克戎變異刺突蛋白的單克隆抗體的中和活性。參與測(cè)試的單克隆抗體包括已獲臨床批準(zhǔn)的治療抗體，如REGN10987 (imdevimab)、 REGN10933 (casirivimab)、 COV2-2196 (tixagevimab)、 COV2-2130 (cilgavimab)、 LY-CoV555 (bamlanivimab)、CB6 (etesevimab)、Brii-196 (amubarvimab)、 Brii-198 (romlusevimab)以及S309 (sotrovimab)。結(jié)果顯示，19種單抗中有17種完全或部分失去了中和能力。只有romlusevimab和sotrovimab保留了其中和活性。

應(yīng)對(duì)新冠病毒的突變也是全球科學(xué)家的重要課題。清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院和萬科公共衛(wèi)生與健康學(xué)院張林琦教授日前在接受記者采訪時(shí)即表示，過去的2年時(shí)間里，其團(tuán)隊(duì)篩選獲得了上千種針對(duì)新冠病毒的抗體，每出現(xiàn)一次突變株，他們可以進(jìn)行全方位的評(píng)估，同時(shí)也具備了非常全面的“抗體貯備”。

他表示，研究病毒突變是其團(tuán)隊(duì)最重要的方向之一，包括新冠病毒、艾滋病毒等，“研究目標(biāo)就是找到廣譜中和抗體。”張林琦表示，實(shí)驗(yàn)室具體開展的工作就是把找到的上千個(gè)抗體進(jìn)行全方位的評(píng)估，初步結(jié)果展示，確實(shí)發(fā)現(xiàn)了一些非常好的具有廣譜中和能力的抗體。其團(tuán)隊(duì)和合作團(tuán)隊(duì)聯(lián)合開發(fā)的羅米司韋單抗，即上述何大一等人研究中保留了對(duì)奧密克戎中和活性的romlusevimab。

研究團(tuán)隊(duì)在論文還提到，奧密克戎也有三個(gè)突變(H655Y, N679K和P681H)聚集鄰近S1/S2 furin切割位點(diǎn)(FCS)，這可能會(huì)增強(qiáng)刺突蛋白的切割和與宿主細(xì)胞的融合，可能有助于增強(qiáng)傳播性。

他們分析，奧密克戎的生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)可能是由以下因素介導(dǎo)，相對(duì)于其他變異體的內(nèi)在傳播能力增加，也可能是相對(duì)于其他變異體的感染能力增加，以及既往感染者和疫苗接種者感染后傳播能力的增加，或者這兩種因素都起到了作用。

研究團(tuán)隊(duì)還通過分析認(rèn)為，通過以往疫情浪潮的暴發(fā)，人群對(duì)德爾塔的保護(hù)性免疫水平已經(jīng)很高，而部分免疫逃逸或許是奧密克戎被觀察到的快速傳播能力的一個(gè)主要原因。然而，除了免疫逃逸外，目前還不能明確奧密克戎與德爾塔相比，本身傳播率到底是增加或減少。

研究團(tuán)隊(duì)總結(jié)道，奧密克戎目前正在南部非洲引發(fā)第四波COVID-19疫情，并正在其他國家迅速蔓延。基因型和表型數(shù)據(jù)表明，奧密克戎具有大量逃逸中和抗體應(yīng)答的能力，建模表明免疫逃逸可能是觀察到的傳播動(dòng)力學(xué)的主要驅(qū)動(dòng)因素。因此，必須密切監(jiān)測(cè)奧密克戎在南部非洲以外國家的傳播，以便更好地了解其傳播性和這種變異體逃逸感染后和疫苗引起的免疫的能力。

他們同時(shí)提醒，中和抗體只是疫苗和既往感染形成的免疫保護(hù)的一個(gè)組成部分，預(yù)計(jì)細(xì)胞免疫反應(yīng)受奧密克戎突變的影響較小。因此，疫苗接種仍然至關(guān)重要。

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